Die Querflöte war in China bereits um 900 v. Chr. bekannt und gelangte um 1100 n. Chr. nach Europa, wo sie zunächst als Militärflöte im deutschsprachigen Raum verwendet wurde, daher die alte Bezeichnung Deutsche Flöte.

In der Kammermusik des 16. und 17. Jahrhunderts wurden Instrumente aus den Familien der Sopran- bis Bassflöten gespielt. Diese Flöten waren aus einem Stück gefertigt, hatten eine zylindrische Bohrung und sechs Grifflöcher. Die Querflöte wurde um 1600 durch die französische Familie Hotteterre, die sich auf die Herstellung von Holzblasinstrumenten spezialisiert hatten, umgestaltet.Diese Instrumentenbauer entwickelten eine Flöte, die sich aus drei Teilen zusammensetzte.

Um 1750 (gegen Ende des Barock) verdrängte sie die Blockflöte und wurde ein bedeutendes Solo- und Orchesterinstrument. Auch im Jazz und der Rockmusik wird die Querflöte eingesetzt. Obwohl sie heutzutage meistens aus Metall hergestellt wird, zählt die Querflöte nicht zu den Blech,  sondern zu den Holzblasinstrumenten.

Zum einen wird die Schwingung nicht wie bei Blechblasinstrumenten durch die Lippen des Spielers, sondern durch Blasen über eine Kante erzeugt (Anblaskante); andererseits wurden Flöten ursprünglich ausschließlich aus Holz gebaut.